Καρδιακές επιπλοκές: τα μισά περίπου παιδιά που γεννιούνται με Σύνδρομο Down παρουσιάζουν καρδιακές επιπλοκές.

Επιπλοκές από το ανοσοποιητικό σύστημα: τα παιδιά με Σύνδρομο Down εμφανίζουν αυξημένη συχνότητα λοιμώξεων λόγω μειωμένου ανοσοποιητικού συστήματος καθώς και αυξημένη συχνότητα αυτοάνοσων νοσημάτων.

Επιπλοκές από το γαστρεντερικό σύστημα: 5% των παιδιών με σύνδρομο Down μπορεί να παρουσιάσουν απόφραξη του εντέρου, μια κατάσταση που ονομάζεται νόσος του Hirschsprung.

Ορμονικές διαταραχές: στα παιδιά με σύνδρομο Down μπορεί να επηρεαστεί ο τρόπος που το σώμα παράγει ή ανταποκρίνεται στις ορμόνες.

Σκελετικά προβλήματα: Στα άτομα με σύνδρομο Down τα οστά που συνδέουν την κορυφή της σπονδυλικής στήλης με το κεφάλι έχουν συχνά υπερβολικά μεγάλη ευελιξία.

Διανοητική καθυστέρηση: Σχεδόν όλα τα μωρά που γεννιούνται με σύνδρομο Down παρουσιάζουν νοητική υστέρηση.

Αύξηση των παιδιών με σύνδρομο Down (ύψος, βάρος, περίμετρος κεφαλής): Τα παιδιά με σύνδρομο Down είναι συνήθως πιο χαμηλά σε σχέση με τα φυσιολογικά παιδιά και έχουν μικρότερα κεφάλια.

Όραση: Τα περισσότερα παιδιά με σύνδρομο Down μπορεί να έχουν πρόβλημα όρασης, όπως μυωπία, υπερμετρωπία, αστιγματισμό, νυσταγμό.

Δέρμα: Η πλειοψηφία των παιδιών με σύνδρομο Down παρουσιάζουν διαταραχές του δέρματος όπως: χοντρό δέρμα στις παλάμες και τα πέλματα, απολέπιση του δέρματος στο τριχωτό της κεφαλής, ροζ ραβδώσεις του δέρματος, ξηρό δέρμα.

Σύνδρομο απνοιών στον ύπνο: 75 τοις εκατό των παιδιών με σύνδρομο Down μπορεί να παρουσιάσουν άπνοια στον ύπνο, μια διαταραχή του ύπνου κατά την οποία σταματά η αναπνοή τους στον ύπνο.

Γονιμότητα: Οι γυναίκες με σύνδρομο Down είναι συνήθως γόνιμες και μπορεί να μείνουν έγκυες και να τεκνοποιήσουν.